Vale a pena migrar para algo customizado?
Depende do estágio da operação.
Plataformas prontas resolvem bem o começo: colocam a loja no ar rápido, com baixo investimento inicial.
O problema aparece quando o volume cresce e as limitações da plataforma passam a custar mais caro do que uma solução sob medida, seja em taxa de transação, seja em performance, seja na falta de flexibilidade para integrar com o seu ERP ou canais específicos.
Não existe resposta genérica aqui.
Existe um ponto, diferente para cada negócio, em que migrar ou customizar deixa de ser luxo e passa a ser necessidade operacional.